1 - Agroindústria: visa aprimorar a formação de pesquisadores, docentes e profissionais no controle e manutenção da qualidade de alimentos. Desenvolvimento de sistemas moto mecanizados, secagem, armazenagem e conservação de produtos agrícolas, por meio do emprego de técnicas pós-colheita. Realizar estudos de viabilidades técnicas e econômicas, bem como a condução de experimentos em análise de sensibilidade, análise de cenários, otimização e simulação. Emprego de técnicas para estruturação de modelos matemáticos aplicados aos processos de tomada de decisões, relacionados ao gerenciamento, planejamento e otimização de sistemas agroindustriais, envolvendo parâmetros técnicos e econômicos. Avaliar sistemas de produção de animais em seus aspectos produtivos, construtivos, ambientais e sustentáveis, promovendo o uso de dejetos e a geração de novos produtos. Promover a otimização e o uso racional de energia no meio rural e agroindustrial, mediante a implementação de programas e técnicas de conservação de energia ou a inserção de fontes renováveis de energia.

2 - Tecnologia da Produção Agrícola: tem por objetivos aprimorar a formação de pesquisadores docentes e profissionais no gerenciamento do sistema de produção, otimizando o uso de máquinas e implementos agrícolas. Realizar estudos referentes a impactos ambientais causados por grandes culturas na região do cerrado. Realizar estudos dos fatores envolvidos na relação máquina-solo-planta. Realizar estudos visando tecnologias de gerenciamento do sistema de produção agrícola integrado ao manejo de informações e tecnologias, envolvendo conceitos de variabilidade no espaço e no tempo. Estudo e desenvolvimento de tecnologias e processos digitais (Inteligência Artificial, Processamento de Imagens, Reconhecimento de padrões, etc) aplicadas na agricultura,estruturação e disponibilidade digital de dados agrícolas.

3 - Recursos Hídricos e Resíduos Agroindustriais: Consiste em desenvolver mediante o emprego do método científico teorias, processos e produtos aplicados aos sistemas hídricos e de gerenciamento e aproveitamento dos resíduos agroindustriais voltados para o uso agroindustrial, para tanto, objetiva-se selecionar, desenvolver e avaliar ferramentas e/ou propor técnicas inovadoras para o monitoramento em sistemas integrados envolvendo água-solo-resíduos-energia. Transformação dos resíduos agrícolas e agroindustriais por meio de diferentes processos para obter produtos com maior valor agregado. Essa abordagem permitirá gerar dados precisos, confiáveis e aplicáveis possibilitando análises associadas em estudos de qualidade de água, modelagens hidrológicas, tratamento de resíduos e geração de energia. O egresso dessa linha de pesquisa terá acesso a conhecimentos teóricos e aplicados, com foco no desenvolvimento sustentável dos sistemas hídricos, produtivos e de gerenciamento dos resíduos agropecuários e industriais.